Nghị định thư áp dụng cho việc di chuyển xuyên biên giới, quá cảnh, xử lý và sử dụng tất cả các sinh vật biến đổi gen có thể có tác động tiêu cực đến việc bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học, cũng tính đến các rủi ro đối với sức khỏe con người (Điều 4 của Nghị định thư, SCBD 2000).